Velice dobře si Citigo vedl při hodnocení ochrany posádky. Hodnotila se bezpečnost při čelním a bočním nárazu, nárazu do sloupu a při takzvaném whiplash-testu, který zkoumá namáhání krční páteře při nárazu zezadu. Také v oblasti bezpečnosti dětí dosáhl nejmladší model Škody dobrých výsledků. Za ochranu figuríny, simulující tříleté dítě, dosáhl model maximálního počtu bodů.

Zkušební techniky Euro NCAP přesvědčila také úroveň asistenčních systémů modelu Citigo. Hodnocení velice pozitivně ovlivnila zejména signalizace zapnutí bezpečnostních pásů a elektronický stabilizační systém ESP. Tyto prvky jsou přitom na mnoha trzích již součástí standardní výbavy. K dobrému výsledku Euro NCAP přispěly také sériově montované hlavové airbagy Thorax.